Sebelum Tanah Melayu dijajah oleh Barat, sistem pentadbiran cukai telah sekian lama wujud, iaitu semenjak Kegemilangan Pemerintahan Melayu Melaka dan Kesultanan Johor-Riau.Dalam era Kesultanan Melayu Melaka, Pelabuhan-pelabuhan Pesisir Laut dan perundangan, adalah saling kaitan dengan struktur cukai yang melibatkan pedagang-pedagang asing dan tempatan. Sepanjang tempoh tersebut, pungutan cukai dan hal-hal yang berkaitan dengan percukaian, adalah dibawah tanggungjawab Penghulu Bendahari ( Chief of the Exchequer ). Dan pegawai percukaian dikenali sebagai Syahbandar.

" ... the Chief of the Exchequer. (He) controlled all the revenue and Customs Officers and looked after the palace building and equipment (...Penghulu Bendahari. (Dia) Mengawal semua sumber perbendaharaan dan semua Syahbandar serta bangunan Istana dan peralatannya)".

(R.J. Wilkinson "The Malacca Sultanate". JMBRAS VOL. XIII-Pt.2, 1935, p.31)